La navata centrale è delimitata da colonne, probabilmente provenienti dall'antico tempio di Esculapio, che dividono la chiesa in tre navate. La navata di destra e di sinistra hanno tre cappelle per lato, la navata centrale ha l’abside e transetto rialzati; dell’antico pavimento del secolo XII sono rimasti solo tre frammenti. Nella gradinata che sale sul presbiterio è inserita una vera di pozzo marmorea medievale, opera di Nicolò d’Angelo o di Pietro Vassalletto, XII secolo, ricavata da una sezione di colonna antica; probabilmente potrebbe coincidere con la fonte salutare dell'antico tempio di Esculapio. La vera di pozzo ha scolpite le figure del Salvatore, di Sant’Adalberto, di San Bartolomeo e di Ottone III. L’altare maggiore è formato da un’ antica vasca di porfido rosso dove sono depositate le reliquie di San Bartolomeo; sopra l’altare un quadro moderno che ricorda “Nuovi Martiri del Novecento”. Gli affreschi dell'abside sono del siciliano Francesco Manno. Le pitture della volta sono di Bonaventura Loffredo.