La chiesa fu fondata per iniziativa di un gruppo di fiorentini, residenti a Roma. Essi appartenevano all'Arciconfraternita della Pietà, e nel 1508 ottennero da papa Giulio II il permesso di costruire una chiesa sulle rovine di una già esistente. Per l’inizio dei lavori fu necessario attendere l’anno 1519 quando fu eletto un fiorentino come successore di Papa Giulio II, ovvero Leone X della famiglia de’Medici. Per la chiesa dei Fiorentini Leone X volle avere il migliore progetto possibile, a tale scopo bandì un concorso per la scelta tra i migliori architetti di quel periodo. Vi parteciparono i migliori artisti dell’epoca tra cui Raffaello, Antonio da Sangallo il Giovane, Jacopo Sansovino, Baldassarre Peruzzi. Nel 1520 i lavori della chiesa furono aggiudicati a Jacopo Sansovino; iniziò i lavori, ma cadde da un'impalcatura restando ferito, fu sostituito da Antonio da Sangallo. Nel 1521 morì papa Leone X e i lavori subirono un’ interruzione. Nel 1522 con il nuovo Pontefice Clemente VII i lavori ripresero sotto la direzione di Jacopo Sansovino che nel frattempo si era rimesso. Ma affiorarono problemi sulle fondamenta della chiesa da edificare a causa delle sabbie del fiume Tevere.  Il Sansovino fu allontanato e la commissione dell'opera fu affidata ad Antonio da Sangallo il Giovane, che risolse brillantemente il problema. Nel 1527 i lavori furono sospesi perché Roma fu invasa delle truppe imperiali di Carlo V d'Asburgo, composte principalmente da lanzichenecchi tedeschi. All'inizio del XVII secolo la chiesa venne completata da Giacomo della Porta, il quale imposta il progetto con tre navate su pilastri e cinque cappelle per lato, con la volta a botte, in fondo alla navata centrale è posto l’altare maggiore con ai due lati due cappelle. Nel 1620  Carlo Maderno realizza la cupola soprannominata il "confetto succhiato" per l'immagine suggerita dalla sua foggia allungata. Nel 1734, l'architetto fiorentino Alessandro Galilei eresse la facciata suddivisa in due ordini,  quella inferiore è composta da otto semicolonne con capitello corinzio, ben tre portali e quattro nicchie, mentre l'ordine superiore è sormontato da un timpano, con quattro semicolonne laterali ed una grande finestra centrale con balcone. 

Cappella S. Vincenzo Ferrer

Cappella San Filippo Benizi

Cappella San Girolamo

Cappella San Filippo Neri

Ss Cosma e Damiano

Cappella della Misericordia

Altare Maggiore

Cappella del Crocifisso

Cappella S. M. Maddalena

Cappella San F. d'Assisi

Cappella Sant'Antonio Abate

Cappella del battistero

S. M. Maddalena de' Pazzi

Cappella San Sebastiano

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