Un presbitero di nome Equizio concesse un terreno
al papa Silvestro I , questi intorno all’anno 314 fece erigere un grande
oratorio in onore di tutti i martiri ignoti, cioè coloro «quorum nomina scit
Omnipotens». "di cui l'Onnipotente conosce i nomi". L’oratorio fu
chiamato in origine titulus Equitii e poiché sorgeva vicino alle Terme di
Traiano, ebbe l'appellativo in Thermis. Tra il 498 e 514 papa Simmaco ricostruì
la chiesa e ne fece innalzare parecchio il livello, tanto che il primitivo
oratorio rimase sotterraneo. Tra il 771 e il 794 papa Adriano I restaurò la
basilica. Successivamente, ulteriori restauri furono eseguiti nel corso
dell'VIII secolo (sotto il pontificato di papa Adriano l), nel IX (papa Sergio
II), nel XIII (papa Innocenzo III). Nel 1299 Bonifacio VIII affidò la basilica
al monastero dei Carmelitani. Nel 1637-57
Giovanni Antonio Filippini, generale dell'Ordine, restaurò e trasformò nella
forma attuale il tempio, spendendo la considerevole somma di 80.000 scudi. Tra
l’anno 1657 e 1676, Francesco Scannapieco successore del Filippini fece
abbassare il livello della chiesa ed erige la nuova facciata. La chiesa fu
restaurata nel 1780.