La cappella della flagellazione dei Santi Pietro e Paolo venne costruita alla fine del sec. XVI. Ai lati dell'altare furono collocate, trasportandole dalla vecchia chiesa della Traspontina, le due colonne, alle quali, secondo una tradizione antica erano stati legati gli apostoli Pietro e Paolo per la flagellazione. Tutte le pitture pala e freschi sono di Giovanni Battista Ricci da Novara. La pala dell'altare raffigura la Flagellazione dei santi Pietro e Paolo. Sopra la pala in un ovale, Cristo crocifisso dolente, proveniente dalla vecchia Traspontina, questo affrescato del Crocifisso venne collocato nel 1195, per volere di Celestino III, sopra l'altare dedicato ai SS. Apostoli Pietro e Paolo e da lui consacrato, nella Cappella delle Colonne dell'antica S. Maria in Traspontina. Secondo la leggenda avrebbe parlato a S. Pietro, rinchiuso nel Carcere Mamertino. Doveva dunque trattarsi di una delle reliquie, provenienti dalle cappelle della Portica o Via Santa che anticamente conduceva alla Basilica di S. Pietro percorrendo il Borgo Vecchio, che furono traslate nella Chiesa. Se così fosse il Crocifisso dovrebbe appartenere ad un'epoca anteriore al 1195. Catalogo beni Culturali. Nel sottarco pilastri esterni e pareti della cappella: affreschi con scene della vita dei due santi apostoli.