Lungo la navata destra si affacciano tre cappelle a pianta rettangolare, la prima Cappella è dedicata a Santa Francesca Romana, originariamente era dedicata a santa Margherita da Cortona. La seconda Cappella sull'altare: San Carlo Borromeo di Antonio Caracci alle pareti: affreschi sulla vita di questo Santo, dello stesso Caracci. La terza Cappella sull'altare: San Francesco e San Bonaventura opera di Domenico Antonio Fiorentini realizzata nel 1796; alle pareti: Storie della vita di San Francesco, dello stesso Fiorentini originariamente la cappella era dedicata San Bonaventura.