La prima basilica fu  iniziata intorno al 320, per volere dell'imperatore Costantino, là dove si trovava la tomba dell'apostolo Pietro, presso il Circo Neroniano; luogo dove fu martirizzato Pietro nell’anno 64 o 67e dove era già esistente un piccolo oratorio. Una delle navate della nuova chiesa si appoggia su un muro del Circo Neroniano. La basilica fu consacrata da papa Silvestro I nel 326 e completata nel 349; di grandezza paragonabile all'attuale, era a cinque navate divise da colonne, preceduta da un vasto atrio a quadriportico. Era una maestosa basilica, continuamente arricchita nei secoli successivi, ricca di mosaici, (parecchi resti sono ora nelle Sacre Grotte Vaticane), conteneva nelle sue grandi cappelle innumerevoli tesori d'arte e le tombe monumentali degli ultimi Imperatori d'Occidente, di un gran numero di Papi e di illustri personaggi. Dopo più di mille anni di vita la basilica si era deteriorata e minacciava di cadere. Papa Niccolò V, su parere di Leon Battista Alberti, decise allora il rifacimento e l'ampliamento di tutta la zona absidale, affidandone il progetto a Bernardo Rossellino (1452); morto il pontefice nel 1455, i lavori furono sospesi per quasi mezzo secolo, salvo una breve ripresa sotto papa Paolo II. Nell’ottobre del 1503, fu eletto papa Giuliano della Rovere che assunse il nome di Giulio II, trovò che la basilica non esprimeva a pieno la potenza della religione e della Chiesa e, pensando anche di racchiudervi il suo mausoleo (del quale il Mosè di Michelangelo doveva essere una delle 40 statue), ne ordinò a Bramante la ricostruzione completa. E questi, concepito il disegno della nuova mole, cominciò la demolizione dell'antica basilica, senza riguardo alle tombe, ai monumenti e alle importanti memorie che essa conteneva, meritandosi così dai contemporanei il titolo di Mastro Ruinante. La demolizione della chiesa costantiniana fu proseguita, man mano che sorgeva la nuova, dagli architetti succeduti a Bramante nella direzione dei lavori. La nuova basilica fu iniziata il 18 aprile 1506. Il progetto bramantesco, a croce greca, riassumeva veramente la superba aspirazione del Pontefice, poiché l'idea di innalzare un Pantheon sulla basilica di Costantino, superava per slancio artistico ogni monumento dei tempi precedenti. Ma Giulio II e Bramante morirono agli inizi dell'opera (1513, 1514), Raffaello, che succedette nella direzione, in collaborazione con fra' Giocondo e con Giuliano da Sangallo, pensò invece a un maestoso progetto a croce latina; dopo di lui tornò alla croce greca Baldassare Peruzzi, di nuovo alla latina sotto la direzione di Antonio da Sangallo il Giovane e (1546). Michelangelo, che, pur rifacendosi alla concezione di Bramante, ne modificò il progetto, ipotizzando un edificio troneggiante al centro di una piazza, più semplice ma più grandioso e slanciato, anche se di dimensioni minori, coperto da una cupola completamente nuova che doveva costituire l'elemento dominante dell'insieme. Michelangelo condusse molto avanti i lavori, morto lui, furono seguiti dal Vignola e da Pirro Ligorio, poi, specialmente nella cupola, da Giacomo Della Porta (1572) e Domenico Fontana (1585). Papa Paolo V, per ragioni liturgiche e per coprire lo spazio già occupato dalla prima basilica, tornò all'idea della croce latina: Carlo Maderno aggiunse così tre cappelle per lato, portando in avanti le navate fino alla facciata attuale, che terminò nel 1614 (ma nel fregio si legge la data 1612). Il 18 novembre 1626 ( 1300 anni dopo la prima consacrazione della basilica di San Pietro), papa Urbano VIII consacrò il nuovo tempio. Il Bernini, subentrato al Maderno nel 1629, volle completare la facciata con l'aggiunta di due campanili laterali, ma il primo da lui eretto fu subito demolito per le lesioni apparse nei muri sottostanti.

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