Lungo la navata sono presenti diversi altari. Il primo si trova sul lato destro accanto all’ingresso della basilica è il celebre altare Salvator Mundi (Busto del Salvatore), ultimo capolavoro di Gian Lorenzo Bernini. A Sinistra della cappella delle Reliquie il Monumento funebre del Cardinale Giovanni Maria Gabrielli (1711); segue l’altare di santa Francesca romana di Filippo Frigiotti che raffigura la santa con bambino; segue l’altare di San Girolamo penitente eremita nel deserto affresco di Archita Perugino (1613); a sinistra dell’altare maggiore l’affresco di San Francesco d'Assisi in preghiera, attribuita a Girolamo Muziano; sempre a sinistra sul secondo altare è raffigurata l’elemosina di San Carlo Borromeo; Prima di uscire dalla basilica, una lapide proveniente dalla catacomba con l'elogio del martire Eutichio scritto dal Papa Damaso, una delle poche epigrafi damasiane pervenuteci in originale.